劇場版的故事发聲在TV版結束的兩年後。愛德華和艾爾兄弟二人被隔絕在兩個世界無法相見。弟弟艾爾在TV版的最後得到了失去的肉體，但是作為等價交換失去了與哥哥愛德華二人四處旅行的這些年的所有記憶。雖然艾爾隱約記得哥哥的一些事情，但是周圍的人都很少提起愛德華。& w3 k- r# C8 o" N

　　終於有一天，艾爾決定出发尋找哥哥，無論愛德華身處哪個世界。他穿起哥哥留下的煉金術師袍，展開一段長達3000里的，新的煉金術師的旅程……（他穿著我們熟悉的紅色外套，帶著白手套，和愛德異常相似．．）

　　而在現實世界，慕尼黑，1923年.艾德與長相跟艾爾很像的德國少年——艾爾方斯·亨德里克生活在一起.為了尋找回到煉金世界的方法而幫助艾爾方斯製作火箭.可隨著時間的流失,一事無成的艾德也感到了焦躁不安.就在這時,在與一個名為諾婭的少女接觸後,又認識了一個名為馬布斯的神秘男人.在古城的捕龍行動中又與恩維(那個人造人...)再會.......一些奇怪的線索也逐漸浮出水面,這時的艾德又與尋找理想之國的香巴拉的圖雷協會发生對峙……………（圖雷協會是納粹思想的母體，崇尚超自然能力的秘密組織。在故事中為了獲得香巴拉的力量而在慕尼黑发生叛亂。圖雷協會的會長戴爾特林德.艾卡特是曆史上真實存在的人物，而曆史上該人是男性，在慕尼黑暴動後原因不明的死去。。。。）

　　命運的漩渦當我得知你消失後我立刻就知道你沒有死 你還是活著的你只是展開了一個旅程離開了等價交換離開了為弟弟所贖的罪離開了煉金術你首次成為了愛德華 ·艾力克決定展開這次旅程的是你自己所以 我相信總有一天我們會再一次相遇…… Shambala在西藏的佛教中，被稱為“完美的領域”。「誰能征服了Shambala，誰就能統治世界」，Thule Society的領袖Karl Haushofer這樣說。Thule Society的基地在慕尼黑，他們向納粹擴張勢力，為的是尋找通往Shambala的關鍵：龍。同時，愛德遇見了一個名叫Mabuse的神秘人，為他帶來了一個消息：有人曾經在一座荒廢的古堡看到一條巨大的“蛇”。這使愛德記起那化為巨蛇，嚐試闖到“門的那一邊”的人造人，Envy。愛德對這個傳聞十分在意，希望找到回去的方法。那些尋找著“龍”（巨蛇）的人，認為這是找到“完美的領域”的關鍵…還有Envy…相互交錯的線索，正一點一點地變得清晰，旋風般紛至遝來的事件，快要展開了…