德華德和他的弟弟阿爾芬斯十分思念在他們還小的時候亡故的母親，實行了鍊金術中最大的禁忌——可以將死者復活的人體煉成。 可是煉成失敗，愛德華德失去了左腿，阿爾芬斯則失去了全身。愛德華德好不容易才以犧牲自己的右臂為代價將弟弟的靈魂煉成，並定著在一副鎧甲上，可是其代價未免太大了。愛德華德和阿爾芬斯一起，為了找回所失去的一切，開始踏上了尋找擁有極大力量的「賢者之石」的旅程。 右臂和左腿用鋼製義肢「機械鎧」來替代的他，被人們稱為「鋼之鍊金術師」…