公元2199年，地球因遭到神秘行星加米拉斯的攻擊而瀕臨滅亡的危機。遊星炸彈所釋放出的放射能汙染了地球表面，人類不得已只能逃到地底苟且偷生，連最終希望的地球防衛軍宇宙艦隊，也在冥王星戰役中慘遭全滅。正當人類陷入絕望之際，遠在14萬8千光年外的伊斯坎達爾星卻為地球帶來了希望。配備了「波動引擎」的大和號正緩緩地啟動，即將展開一場來回29萬6千光年的浩瀚旅途……
冥王星越來越近了，為了解除遊星炸彈對地球的威脅，大和號於是計劃攻擊冥王星基地，而加米拉斯冥王星基地司令則打算利用最新武器「反射衛星炮」加以還擊。大和號進入了反射衛星炮的射程範圍，卻因為冥王星上還有其它生物，因此無法以波動炮展開反擊。在反射衛星炮集中火力攻擊之下，大和號的製動裝置開始產生異常，最後沉入冥王星的海底深處……[1] 
由於大和號在冥王星一役的英勇表現，終於解除了遊星炸彈對地球長期以來的威脅，但也因此引起了加米拉斯帝國大總統德斯拉的注意。脫離了太陽系之後，大和號一路朝著伊斯坎達爾快速前進，卻在途中遭遇德斯拉機雷防衛線的阻撓。面對如此龐大的雷區，衝田艦長決定利用機雷部署的間隔直接穿越雷區以節省時間，不料機雷群卻悄悄地縮小間隔並團團圍住大和號，令大和號陷入動彈不得的險境之中……
大和號以地球與大麥哲倫星雲的中間點「巴朗星」為目標努力前進，然而加米拉斯帝國的常勝將軍多梅爾卻早已在該星域布下重兵以逸待勞。擅於謀略的多梅爾利用巴朗星上的加米拉斯基地為餌，一方面誘使大和號全力向該基地進攻，一方面趁隙遙控繞行於巴朗星軌道上的人工太陽墜落直擊大和號。大和號发現此事後隨即調頭180度企圖以波動炮擊毀人工太陽，但一切似乎已經太晚了……
經過一番波折之後，大和號終於抵達了大麥哲倫星雲，尤其是在收到絲塔西亞所发出的誘導電波時，大和號艦內的緊張氣氛頓時消散一空，地球終於有救了！根據絲塔西亞的指引，大和號隨即向伊斯坎達爾所在的星域前進，不料在快抵達目的地時誘導電波突然中斷，此時映入眼簾的竟是由兩個行星所組成的雙子星，那就是伊斯坎達爾嗎？正當大和號全員陷入疑惑之時，為數龐大的飛彈突然從伊斯坎達爾所在的方向飛來……