西暦3005年。7世紀ぶりに火星への有人飛行を成し遂げた人類。水も酸素もない、廃墟と化したかつての入植地において、宇宙飛行士達は1人の女性を発見する。
半年後の地球。帰還した探査船は地球周回軌道上で大破。乗組員の遺體は未知のウイルス「N5S」に冒されたまま、軌道上を漂い地表へと胞子を撒き散らしているのが発見される。
その約1日後、「ドローン禍」と呼ばれるバイオハザードで混亂する洋上の人工島「9JO」に、東亜重工の工作員・庚造一が送り込まれる。上陸直後にN5Sウイルスに適応した少女イオン・グリーンを発見するが、その矢先に対立する組織であるCEUに彼女を拉致される。イオンを巡る戦いが続く一方で、CEUの上位機関DRFによる陰謀が進行していた。