滋賀県にある私立星徳（せいとく）高校は、全國屈指のスポーツ強豪校で有名だが、その裏ではスクールカースト製度による差別やいじめ、2件もの生徒の自殺などといった闇も抱えていた。
そこに通う歴史マニアの西野蒼は、弓道部の3軍扱いされ、差別される側として學園生活を送る中で、「自分が戦國の世にいたら武勲を立てて活躍できたのに」などと日々思いながら生きていた。
ある放課後。火の玉、赤い雨、蟬の大量発生、學校を覆う濃霧。突如として起こる怪現象。気が付くと學校の周りの景色は一変していた。
「自分たちは戦國時代にタイムスリップしたのか！？」
部活動で學校に殘っていた大勢の生徒や教師たちが混亂する中、足軽や農民が武器を持ち、彼らに容赦なく襲いかかって來る。命のやり取りが當たり前の世界で次々と死んでいく中、戦國の世に順応し始めたアスリート達は、それぞれの部活で鍛えた武器を手に戦い始める。