普通的上班族藤木戶健二，他的妻子在忍者鬥爭中喪命。
在他瀕死之際，竟然被神秘的忍者靈魂附身了！
撿回一命的藤木戶，從此成為“忍者殺手”，專門追殺忍者，為了複仇而戰！
以近未來都市新埼玉為舞台，忍者殺手VS忍者的生死決鬥揭開序幕！