10年前に東京を襲った大災害「東京大震災」により長野県へ疎開していた五十嵐丸太は、クラスメイト達と平凡な生活を送っていた。しかしある日、丸太の通う中學校に「赤い男」が現れたことで彼の運命は一転することになる。

「赤い男」によってクラスメイト達を目の前で殺された丸太は、なぜかクラスメイトを殺した犯人に仕立て上げられ、無実の罪で死刑を宣告されて完全民営化刑務所「デッドマン・ワンダーランド」（以降、「DW」）へ送致されてしまう。そこで丸太は自分が「赤い男」の手により「罪の枝」と呼ばれる特殊能力を持つ人間「デッドマン」になっていたことを知り、やがて幼馴染みの少女シロとの再會、そして他のデッドマン達との戦い・交流を経て「赤い男」を巡る陰謀に巻き込まれていくことになる。