故事主要講述了在紐約市一條大街的地下管道里住著四只功夫高強的忍者神龜和他們的老師斯普林特——只來自日本的超級大老鼠，為了保衛城市家園，他們同狡猾的巴克斯特·斯多克曼博士、紫龍幫的壞蛋以及一夥神秘且訓練有素的忍者展開殊死搏鬥。這四只神勇無比、所向無敵、神氣十足的小烏龜，手執忍者刀、武士棒、雙截棍和鋼叉，披掛上陣英勇迎敵，團結如兄弟，不畏邪惡與恐嚇，始終與妖魔鬼怪鬥爭著。