這里是有兩百三十萬人口的「學園都市」，以占有此處人口八成比例的所有學生為對象，進行著超能力開发實驗。其中有間貴族女子學校──常盤台中學就囊括了立於學生頂點，最強的七名「超能力者（等級5）」之中的兩名──「超電磁砲」御坂美琴以及「心理掌握」食蜂操祈。以常盤台中學為舞台，全新故事就此揭開序幕……！