惑星グランベル唯一の人間であるシキ・グランベルは、惑星ブルーガーデンの冒険者ギルド流星の燈に屬するレベッカとハッピーとの出會いを機に外の世界である桜宇宙（サクラコスモス）に旅立つ。

レベッカとハッピー同様に流星の燈の一員になったシキは、桜宇宙の伝説の存在とされるマザーに懐かしいものを感じ、マザーに會いに行くことを決意。3人は魔王戦艦エデンズ ゼロの乗組員となり、桜宇宙を駆け抜けていく。