第一次涅洛伊大戰結束後20年。
那場激烈戰爭在世界各地留下的傷痕慢慢痊癒。
然而逐漸開始聚集的烏雲還是在世界各地蒙上陰影，如今安寧的日子彷彿就像暴風雨前的寧靜。
１９３７年，扶桑皇國舞鶴海軍附屬小學六年級生──坂本美緒，12歲。
後來成為傳說的魔女的她，此時還是一名不相信自己能力的少女。