MMR神祕調查班於十多年後重新集結，再次挑戰諾史特拉達姆斯的預言。原來１９９９年不是世界的終結，而是毀滅的開始？就在調查進行時，神密組織ＲＥＳＩＤＥＮＴ　ＯＦ　ＳＵＮ竟又來到他們面前……

在ＭＭＲ成員都已不在的編輯部，為了查出１９９９年過後威脅人類的真正危機，新ＭＭＲ就此誕生，他們針對馬雅末裔代代相傳的預言展開調查……