空美町に住む桜井智樹は、「平和が一番」をモットーにするエッチな中學生。ただ一つ普通じゃないことといえば、顔さえ思い出せない女の子が現れる夢をよく見ること。そんなある日、守形英四郎のいる新大陸発見部へ入部することとなり、ある日の夜、新大陸が空美町上空に來ているとして新大陸直下へ向かう。 すると、空から自稱「愛玩用エンジェロイド」である天使の少女イカロスが降ってきた。イカロスと出會い、鎖で結ばれることになった。

イカロスは特殊な能力を持ち、智樹の願いを何でも葉えてくれるという。智樹はイカロスと同居しながらもこれまでと同じ日常を過ごせることを願っていたが、やがて新たなエンジェロイドが智樹の元へと迫り、平和が狂ってゆく。

そして、イカロスは記憶を失っており、本當は戦闘用エンジェロイドであることを知り、さらに空美町上空に存在する謎の大陸「シナプス」の存在へと近づき、シナプスの陰謀に巻き込まれていく。やがて智樹は「身近な非現実」を知ることとなる。何のためにエンジェロイドが作られたのか？なぜ智樹のもとにエンジェロイドが？シナプスの正體とは？自分の夢の真実とは？真実へ近づいていくうちに、智樹の平和な日常が大きく変化していく。