少年・音無結弦は自分の苗字以外の記憶を失った狀態で、真夜中の「學園」で目覚める。音無は銃を構える少女・仲村ゆりと出會い、ここが死後の世界であると教えられ、死んだ世界戦線（略稱SSS、以降、戦線）に勧誘される。戦線は転生を拒み、天使と呼ばれる生徒會長と戦いを続けていた。なりゆきで戦線に加わった音無は、學園生活を送りつつ、戦線のメンバーと共にあらゆる作戦で天使に挑む。

やがて音無は、天使こと立華かなでの目的は「未練を殘して死んだ人間が、學園生活を楽しく過ごしてこの世界を『卒業』できるようにする」ことであると知る。かなでの特殊能力は神から與えられたものではなく、この世界のマテリアルを改変できるソフトウェア“ANGEL PLAYER”を偶然手に入れた彼女がその機能を使い、自分で身につけたものだった。死ぬ直前の記憶を取り戻した音無は、かなでに協力し、戦線メンバーの未練を消して成仏させようと試みる。

そんな中、“影”と呼ばれる正體不明の怪物が突然現れ、戦線メンバーを襲い始めた。増え続ける影に呑み込まれるとNPCになって記憶や人格をほとんど失ってしまうため、このままでは戦線メンバーを守り切れないとゆりは判斷。音無とかなでの行動に密かに気づいていたゆりは、ふたりの考え通り未練を捨ててこの世界を“卒業”することが、“影”から身を守るひとつの方法と考え、音無達の考えを皆に説明させて、“卒業”するかこの世界に殘るかの選択を戦線メンバー各員に委ねる。ゆりと共に殘ることを選んだ戦線メンバーと音無、かなでは“影”と戦う。

ゆりは“影”を発生させている「第2コンピューター室」を発見。部屋に乗り込み、謎の男と遭遇。彼はゆりに、この世界を作った人物（すなわち神）は不明であること、だがこの世界に“愛”が生まれ、いずれ卒業すべきこの世界が、永遠の愛の楽園に変わってしまうことを防ぐために、大量のパソコンの処理能力をつぎ込んだ“ANGEL PLAYER”によって“影”が発生していると教える。一方で、この能力をゆりが引き継ぎ“ANGEL PLAYER”で世界を改変する力を使えば、彼女自身が神に匹敵する力を得られると告げられる。ゆりはこの提案を拒否。生前の未練を斷ち切り、システムを破壊し、“影”の発生を停止させる。

3日後、NPC以外の生徒のほとんどが転生した學園で、音無、ゆり、日向、直井、かなでの5人は“卒業式”を行う。ゆり、日向、直井がこの世界から消え去る。音無は、かなでと共にこの世界に殘りゆりのような生徒が來たら卒業させてやりたいと語り、「好きだ」と告白する。だがかなでは、生前に音無から心臓を移植されたこと、自分の“生前の未練”が、心臓のドナーにお禮を言うことだったと告げる。かなでは音無に抱きしめられ「命をくれてありがとう」と告げて消滅。殘された音無は號泣する。

雑踏の中鼻歌を歌う少女。鼻歌に気付き追いかける少年。二人が転生したかなでと音無であることを暗示して物語は終わる。