長らく続いたVRMMORPG「ユグドラシル」がサービス終了を迎え、ゲーム內で栄光を誇ったギルド「アインズ・ウール・ゴウン」のメンバーであるプレイヤー、モモンガはギルドの本拠地「ナザリック大墳墓」で一人、最後の瞬間を待っていた。

カウントダウンが始まり、モモンガは目を閉じてかつての仲間達との思い出に浸る。しかし、サービス終了の時刻になっても強製ログアウトは起こらず、それどころか、プレイヤーが命令しなければ行動しないはずのNPCたちが意思を持って動き出し、生きて言葉を発することに驚いたモモンガは、彼自身もゲームの中の（自分が作った）キャラクターとなってしまっていることに気付く。ナザリック大墳墓は、「ユグドラシル」とは似通っているが異なる世界に転移していた。

転移後の世界で、モモンガはかつてのギルド名「アインズ・ウール・ゴウン」に名乗りを改め、ナザリック地下大墳墓の勢力を率いて行動を起こす。その目的は、アインズ（モモンガ）が不用意に口にした「世界征服」である。彼は、自分たちの力がこの世界の水準と比較してあまりにも強大であることを認識しつつも、まだ見ぬ強者、未知の技術の可能性を疑い、何よりその裏に見え隠れする別のプレイヤーの存在や痕跡を探るため、慎重な姿勢を崩さずに挑んでいく。