近藤局長派齊藤一到伊東身邊做間諜，獲知伊東將對他不利。於是秘密召集新撰組隊士，計劃暗殺伊東。結果新撰組反而被伊東派傭兵圍殺，陷入絕境。另一方面，鐵之助被誤會為殺死坂本龍馬的罪人，遭到追殺…另外還有衝田總司童年往事的番外篇。

山南的死造成藤堂離隊加入伊東陣營，沒想到伊東竟然用計攻擊新撰組，藤堂能夠親手對付昔日好友永倉跟原田嗎？阿鐵身陷不明之冤，海援隊以為是他殺了坂本龍馬，他將如何脫困，如何面對陷害他的阿鈴……

【16卷至84話】