本作與本篇不同，是以禦阪美琴為主角的漫畫。此外，愛慕美琴的白井黑子也是主角之一。故事發生在面積佔據東京都的三分之一，居住著230萬名人口，其中八成人口是學生的巨大都市。學院都市和外部隔離，研究最尖端科技。所有學生都接受超能力開發，並大都藉由藥物、催眠術與通電刺激等方式取得超能力。有各種類型不同能力。每隔一定時間會進行身體檢查，重新測定一次。女主角禦阪美琴是就讀於學園都市名門貴族女校「常盤台中學」的十四歲少女。在學園都市中只有七人的等級五超能力者排行第三。擁有操縱電擊的能力，因此被稱為「電擊使」。本作不但通過美琴的視角來描繪學園城市的日常生活，也敘述了學園城市秘密進行地有非人道性質的關於「妹妹們」（Sisters）的實驗，從而使大家對於本作及本篇魔法禁書目錄的背景（世界觀）的認識也慢慢變得清楚。
【第13卷至第96話】
【第15卷至115話】