在城戶沙織以“銀河戰爭”的開幕為開端，覺悟到自己要為將在聖域蔓延的邪惡曝光於天下而戰的宿命之後，感覺到紛爭氣息的邪惡女神“厄里斯”在彗星“雷帕魯斯（Repulse）”的引導下再次襲擊地球，企圖為大地帶來流血混亂。為了粉碎她的野心，身為雅典娜的侍女的聖鬥少女們陸續展開了激鬥。

本作的時間線，在翔成為聖鬥少女之前是原作中的“銀河戰爭篇”期間，成為了聖鬥少女之後是在“十二宮篇”之後。

【12卷至59話】