在南太平洋有一個小島，叫庫克島。島上怪石聳立，周國波濤洶湧。一群黑幫盤鋸在這里，依仗奇取來的高科技，建立起強大的軍事基地。匪首麥考里野心勃勃、妄圖以武力征服世界，實現他的暴力統治。

麥考里向 B 國政府发出最後通牒、限令他們在48小時內交出核基地，否則將发射製導式核導彈摧毀該國的全部核設施。麥考里還聲稱，
如果庫克島的安全受到威脅，他將隨時技下導彈控製中心的按鈕。

一旦災難发生，世界將受到毀滅性的核污染，從而籠罩在淒慘的 “核冬天〞之下。為此，B國政府緊急製定了代號為“魂鬥羅”(Contra，“反抗”）的戰鬥計劃。

以比爾為隊長的小分隊受命乘飛機開赴庫克島。他們的任務是：在麥考里行動之前摧毀那里的導彈控製中心和其他軍事設施，殲滅黑幫勢力。

面對匪巢堅固的城堡、先進的武器和凶狠的殺手，小分隊將經曆一場驚心動魄的戰鬥⋯