伝説的大名作の新たなる旅立ちの物語!! 機械の體をただでくれる惑星メーテルへの旅。惑星大アンドロメダでの機械化惑星帝國との最終決戦をへて、星野鉄郎は少年から青年へと成長を遂げていた。一緒に旅を続けていたメーテルと別れ、荒廃した地球で希望を捨てず、人類の未來を信じ、戦い続ける鉄郎は、クイーンエメラルダスより衝撃的な事実を告げられる。そして、鉄郎は3度目の「銀河鉄道999」での旅に出るのだった…。