桜舞う入學初日、晴れて中學生の一員となった武藤結月は女子高特有の百合に憧れていた。そんな所を見計らったかのように容姿端麗な高等部の上級生舟木碧生から聲をかけられ、部活動へと誘われる。色めき立つ結月はその活動內容を聞くと、信じ難いことに學校公認で合理的に拷問を行い研究するという拷問部だった。想像を絶する答えに逃亡を図るも、拘束具を取り付けられ、同級生の小橋蒼空、その姉の小橋悠里、初等部の新崎苺花の部員達の前に曬され、半ば強製的に入部させられる。徐々にディープな世界を知っていく結月と、個性的な部員達の拷問ライフが始まった。