2039年，地球的調查隊曾在火星上遭到外星文明Tarsian的襲擊而導致全滅的命運。而7年以後的2046年，地球人已經利用從Tarsian手中得來的科技建立起了強大的宇宙軍，初步在近地球圈打敗了Tarsian，保住了地球的安全並開始組織遠征軍轉入反攻狀態。
初三女生長峰美加子和她的同學阿升是一對戀人，每次放學後美加子總是搭著阿升的單車回家，並在路上談論他們的未來。而一個美麗的雨後黃昏，美加子望著在天空中緩緩飛過的白色宇宙軍飛船，輕聲告訴阿升：“我要去搭那艘飛船。”原來她已經作為人形戰機“追獵者”的駕駛員被選拔進了由超大型母艦“呂西忒亞”號為旗艦，擁有四艘大型母艦的宇宙遠征軍，即將出发追擊Tarsian。