渾渾噩噩混日子的高中生高阪京介（17歲），與他的初中生妹妹高阪桐乃（14歲）從幾年前開始，關系就像冷戰一樣的差，後來甚至差到桐乃看到哥哥時連招呼都不打的地步，而是用像是看到髒東西般的眼神瞪他。對此無可奈何的京介認為，這種關系會一直持續下去。
可是有一天，京介在門口撿到了從來沒看過的魔法少女動畫《星塵☆小魔女梅露露》的DVD盒子，裏面竟然不是動畫的DVD，而是工口遊戲《和妹妹戀愛吧》的光碟。京介在晚餐時，用梅露露的話題試探誰是光碟的物主，但只得到父母充滿偏見的否定意見，而後知道了DVD盒子竟然是妹妹的所有物。
就在那天晚上，連打招呼都不會的妹妹突然來到京介房間，並且說她想要和京介進行人生諮詢。原來桐乃迷上了萌系動畫以及美少女遊戲中的妹系角色，卻都不敢告訴別人，只能一直悶在心裏。被哥哥知道了自己的秘密後，從此開始了和哥哥之間的“人生諮詢”。