自從日本開发出只有女性才能操縱的飛行超兵器IS（Infinite Stratos）之後，世界发生了翻天覆地的變化，女性的地位被提升到優先準位。培育IS操縱者的學校“IS學院”每年接納來自世界各地的優秀候補生少女。
然而，主人公織斑一夏雖然是個男生卻不知因為什麽原因能夠啟動IS，因此他被強製送入了IS學院就讀。織斑一夏從此成為女校中的萬紅叢中一點綠，從他青梅竹馬的劍道少女箒開始，不同國籍不同性格的少女們圍繞著織斑一夏開始了一場波瀾壯闊戀愛戰鬥劇場。