“東京大爆炸”後數周。離奇的連續殺人案件，持有神秘黑花的契約者，如烏雲般籠罩這座城市。其中，還有仍然徘徊在這座城市的契約者·BK201的身影。接受黑花移植的女高中生·月森梓，變成了擁有超出想像之力量的“覺醒者”，並開始了她的複仇。隨著事件的深入，與潘朵拉、“組織”和黑花有關的新的黑幕漸漸浮出水面……