《ZIPANG次元艦隊》，講述一艘搭載“戰斧”巡航導彈、“宙斯盾”相控陣雷達等新式武器的日本海上自衛隊巡洋艦‘未來’號（實為日本的愛宕級驅逐艦），從橫須賀的海上自衛隊基地出发，在夏威夷群島的中途島海域與美軍進行軍事演習時，意外地遭遇暴風雨和電磁暴，由於時空次元的扭曲，穿過一道神秘的由極光組成的光牆後，竟回到六十年前（1942年），第二次世界大戰中，日本與美國、世界為敵的中途島海戰戰場！而他們決定不參加這場戰爭，不改變曆史時，副艦長角松洋介遇到並救起了乘坐日軍水上偵察機執行通信任務而被擊落的草加拓海少佐（少校）。但是，當草加在“未來”號的資料室裏，了解到了二戰日本戰敗的史實後，草加竟然開始了一個驚人的計劃---他要利用“未來”號強大的火力與新技術，打敗美國和其他盟國，建立一個新日本，這既不是深陷在戰爭泥潭中的大日本帝國，也不是“未來”所屬的戰後日本，而是日邦格（ZIPANG)！於是，角松洋介等“未來”號的自衛隊員們，開始了阻止草加計劃的行動......