天涯孤獨の女子高生牧原緑は特異に襲われそうな所を大剣を持った少女に助けられる。緑はお禮に家へと案內し名も無き少女を「ひつじさん」と呼ぶことにした。一晩共に過ごした緑はひつじさんの過去に觸れ、七瀬を失った悲しみを乗り越えひつじさんと共に生きる事を誓い特異撃退代行會社「ひつじや」を設立する。

當初はまったく依頼が來なかったが、2年後には世界最大の売り上げを誇る大企業へと成長していた。そしてひつじさんもまた宇宙の法則を更新することにより総勢1000體の集合體へと変態していた。日々激しくなる特異の襲來の中、非常に強力な特異が4體も現れ窮地に陥るひつじさん。その時アメリカが世界の警察であり続けるために開発した兵器「RX-1」通稱ブラックゴートが現れ4體の特異を瞬殺する。

ひつじやの活動を妨害すべく活動を続けるブラックゴート。やがて特異により指揮系統を掌握されたアメリカ軍は全ブラックゴート部隊を対ひつじさんに投入する。ブラックゴート部隊665機とひつじさん軍団993名の一瞬だが壯絶な戦いの末に雙方共全滅。守る者がいなくなった世界で特異はその力と數を増していった。

17年後…、ひつじさんと牧原緑の子「牧原羊」は最後の特異として覚醒し、そしてさらに1年後、緑は究極の二択を迫られる。