《言葉之庭》的故事发生在現代東京，故事講述了以製鞋人為目標的少年秋月和神秘女子雪野的戀愛故事。故事源於萬葉集開篇的“孤悲”之戀，作品中透露出鞋、萬葉集、日本庭園、雨等因素。
年方15歲的高中生秋月孝雄，專心學業的過程中不得不為了生計打工賺錢。母親離家出走，他與哥哥過著看不到前方的生活。入梅之日，孝雄逃課來到日本庭園。在一座安靜的小亭子裏，27歲的職場女性雪野百香裏邊吃巧克力邊飲啤酒的樣子引起了孝雄的注意。似曾相識的二人，每到落雨之日便從世俗的煩惱中逃脫出來，相會於這座鋼筋鐵骨都市叢林中宛若世外桃源的幽靜角落。在梅雨季節的日子裏，他們的心漸漸向彼此靠攏。志願成為手工鞋匠的秋月，決心以雪野為模特做一雙鞋。雨過天晴，豔陽高照，庭園中久久不見秋月和雪野的身影，相會無期亦有期。