太平洋戰爭中期，逐漸趨於劣勢的日本帝國海軍，在透過人體實驗後，成功在輕巡洋艦三瀨號上，創造出具備自我意識的船艦守護神（三瀨）；透過她，這艘軍艦擁有淩駕美軍雷達的探測能力，而其艦長-淺羽中校又是智勇雙全、極富領導才幹的軍官，在他們互相配合下，在美軍強大攻勢下屢建奇功；但在美軍研發出更高性能雷達，及日本帝國海軍發動背水一戰的海戰慘敗後，三瀨是否還能突破困境，再建奇功？