西曆2314年，危機再次造訪。130年前就已無生命反應的廢棄木星探測船開始接近地球圈，宣告著賭上人類存亡之戰即將開始……戰爭中，天上人的鋼彈尖兵剎那．F．塞耶進化為人類領航員－－變革者。在新的危機中，他將面對著自己進化的真正意義。究竟伊歐利亞計畫的最終階段與「最終決戰」是什麼呢－－