注：是原畫集不是漫畫！！
故事描述的是一個有關“第二次衝擊”的記事。公元2000年有顆巨大的隕石墜落在南極冰山附近（政府宣稱），高溫造成部分冰塊溶化，連帶使得全球水位上漲，接下來的天災人禍更是連綿不斷，公元2015年又出現了新的入侵者，一種似人的巨大機械戰鬥群，人們將之稱為”使徒”，大概是影射他們是上帝派來的使者，要來消滅作惡多端的人類吧。人類此刻的各種軍事武器對使徒可說是毫無用處，為此，當時地球的政治中心決定重用NERV這個組織，他們以最精密的技術，花費巨資研究出一種以駕駛員的神經直接控製的”泛用人形決戰兵器”，這種高科技產物將駕駛員與機器做了精細的契合，籍由意志及身體的反映來控製EVA。不過由於當時這些技術還在研发階段，所以有許多障礙還無法立即克服。而且因為並不是每個人都能自由的駕駛EVA。駕駛人選一直是NERV最頭疼的地方，除了符合條件的人難覓，而且還必須經過幾個月訓練才能和EVA達到同步活動的基本能力。而後，在世界上发現了3名可以駕駛EVA的少男少女，人們把希望都寄托在了他們身上。