故事中的主角，夜科揚羽是一個高中生，被怪人尼彌西斯Q選中參加PSYREN遊戲。遊戲進行的地方是一片荒原，事實上為十年後的世界。夜科揚羽與他的同伴試圖改變未來、拯救世界。