自9·11以來，人類社會在墮落和滅亡的道路上高歌猛進。2013年，莫斯科、倫敦、上海、東京等國際大都會接連发生等級超越9·11的恐怖襲擊事件，世界局勢危在旦夕。聖火在東京一隅的少年島村喬(宮野真守 飾)，其真實身份是編號為009的人造人，他誕生的初衷便是保護世界和平。如今消除了往昔記憶的他再也無法獨善其身，經過一系列的波折，終於和當年的夥伴們001伊凡·維斯基(玉川砂記子 配音)、002傑特·林格(小野大輔 配音)、003法蘭索娃·阿爾達努(齋藤千和 配音)、004艾柏特·海因利希(大川透 配音)、005索羅門·索尼亞(丹澤晃之 配音)、006張張胡(增岡太郎 配音)、007葛雷特·布林頓(吉野裕行 配音)會面。擁有超人一般能力的他們，面臨前所未有的挑戰……