故事開始時間位於《魔法少女奈葉A's》的六年後，15歲的奈葉一行人的故事，描述“A's和StrikerS之間的空白片段”。第7話刊載之後間隔了兩個月，第8話開始進入本篇接續StrikerS動畫版，至第12話本篇結束。第13、14話相當於後日談。