高中生神名綾人在與朋友一起前往考場的路上，遭遇侵略軍航空部隊與防衛軍之間的戰鬥。在被破壞的街上，綾人遭到怪異的男子意圖綁架，卻被謎樣的美女——紫東遙給拯救了。然而，遙也將槍口指向了綾人。綾人在混亂中，與遙一起來到巨大的神殿。在那里，巨人翼神世音正等待著……