故事述說一位名叫百鬼丸的男孩，因為父親夢想稱霸亂世，於是與四十八只魔神做出約定，將百鬼丸的身體分為48個部份，讓魔神拿走。所以百鬼丸為了拿回自己的身體器官便出发討伐魔神，途中遇上小偷多羅羅，展開與妖怪戰鬥的冒險。
故事中帶有強烈的諷刺意味，例如戰爭不斷，但只有平民百姓受苦；當百鬼丸替村民殺死妖怪後，反而被趕出村，表現出人情冷漠；而其中板門之卷帶有諷刺柏林牆及板門店。