在衝繩離島與老醫師共同生活的少年蒼，在國中入學典禮即將到來的某一天，神秘的存在「Secret」突然出現，島嶼遭受無情的攻擊。為了守護島嶼，他讓「沉睡的巨人」尼爾瓦修覺醒，然而……!?