管理世界的“fractale系統”完成後，人類成為了史上第一個步入了不用勞動就能生存的樂園的物種。 
從那以後的一千年，系統的壽命進入末期但仍在辛勤勞作，能夠解析其系統的人已經所剩無幾。
更多的眾人認為只有維持那個系統才是人類幸福的條件並且深信無疑。 
故事從某片大陸邊緣角落的一個小島上開始，那里的fractale正在一點點的崩壞…
茫然度過每一天的少年·Crane，某天救了一個不知被什幺人所追而滾下山崖的少女·Phryne。
因與少女的相遇而心動的Crane。但少女只留下了一個項鏈的掛墜就從少年的面前消失。
在掛墜里的存檔里面有個名叫Nessa的少女，是個電子人偶。與Nessa一起Crane踏上尋找少女·Phryne的旅途。在那里少年知道了系統·Fractale的秘密…